Les milieux aquatiques constituent des habitats connus pour leur fragilité, sensibles aux altérations provoquées par les activités humaines, parfois de façon irréversible. Il est donc tout naturel que ces milieux aient attiré l'attention des naturalistes et que des mesures de protection aient été proposées pour assurer leur conservation. Lesétudes qui accompagnent les mesures conservatoires, ou les études de l'impact des nuisances, prennent le plus souvent en compte les vertébrés hôtes des zones humides : oiseaux, mammifères, poissons, batraciens, parfois des plantes, mais beaucoup trop rarement des populations d'invertébrés. Cette lacune évidente dans les études faunistiques des milieux aquatiques est la conséquence de la difficulté réelle de l'étude des insectes, de l'insuffisance de formation adéquate des naturalistes, surtout professionnels, et de la méconnaissance générale du rôle des insectes dans la biosphère.
Cependant, des textes réglementaires récents, tels que la Directive européenne sur les habitats, prennent en compte certains insectes aquatiques. Des mesures de protection et de gestion efficaces pour leur préservation doivent être prises. Il est donc utile d'informer du rôle et de l'importance des insectes aquatiques dans leur environnement, en mettant l'accent sur leurs adaptations biologiques et morphologiques à la vie dans les eaux douces, leurs préférences en matière d'habitat, leur rôle d'indicateur de la qualité d'un milieu, leurs interactions avec l'homme... Il est également nécessaire de fournir les informations indispensables concernant les protections réglementaires actuellement en vigueur en France.

Les insectes constituent le groupe animal le plus important et le plus diversifié de la planète, alors qu'il est également l'un des plus mal connus. On estime qu'il existerait sur terre plus d'un million d'espèces d'insectes, alors qu'environ 892 000 espèces seulement ont été décrites. Mais, outre leur importance numérique, l'intérêt des insectes réside dans leur remarquable diversité de formes et d'adaptations qui leur ont permis de coloniser l'ensemble du globe dans pratiquement tous les biotopes, à l'exception des océans.

Rappelons que les insectes sont des invertébrés à "squelette externe" articulés, autrement dit des Arthropodes dont l'organisation de base comporte une division du corps en trois parties, la tête, le thorax et l'abdomen, qui sont nettement distinctes. Ce caractère les différencie notamment des Arachnides (Araignées, Scorpions ...) dont le corps est apparemment composé de deux parties. La locomotion des insectes, au moins à l'état adulte, est assurée par six pattes, alors que les Araignées en possèdent huit. Pour la majorité d'entre eux, les insectes sont pourvus de elle. Cette adaptation au vol constitue l'un des traits les plus remarquables du groupe, unique chez les invertébrés.

Parmi les biotopes colonisés par les insectes, on ne peut ignorer le monde des eaux douces, aussi bien courantes que stagnent entre. Il est vrai que moins de 3% des espèces d'insectes vivent dans les milieux aquatiques, mais dans certains biotopes d'eau douce, les insectes peuvent représenter jusqu'à 95% de tous les individus ou de toutes les espèces de macro-invertébrés. Les insectes aquatiques présentent un très large éventail d’adaptation morphologiques, physiologiques et comportementale qui leur permettent d'habiter pratiquement tous les types de milieu aquatique. On trouve des insectes dans les mares, étangs, ruisseaux et rivières, mais aussi dans des habitats aux conditions de vie plus difficiles, les sources chaudes d'origine volcanique, les mares hypersalines des côtes rocheuses maritimes, les mares temporaires, les cours d'eau provisoire, les lacs salés, ainsi que les eaux interstitielles et celles des cavités souterraines.

Au niveau mondial, pas moins de treize ordres d'insectes sont représentés dans les eaux, mais cinq seulement possèdent des espèces exclusivement aquatiques. Les modes de vie des insectes aquatiques sont extrêmement variés. Certains passent toute leur vie au contact de l'eau, comme les Coléoptères Gyridinae, la plupart étant aquatiques à l'état larvaire mais terrestres et capables de voler à l'état adulte, comme les Libellules ou les Moustiques. Les habitudes alimentaires sont des plus diverses. Certains consomment les bactéries et les petites particules en suspension dans l'eau, comme les larves de moustiques, d'autres mangent les végétaux aquatiques, comme les Coléoptères et hydrophilidae. D’autres, enfin, sont carnassiers, se nourrissant de proies vivantes, comme les larves des Libellules ou les Dysticidae.

Les insectes aquatiques ont de nombreux ennemis et ils sont consommés par divers poissons carnassiers, tels que les truites, qui peuvent se nourrir aux dépens des insectes entraînés par le courant dans les rivières. Ils sont parfois consommés par des oiseaux, comme les hérons, le canard et même la chouette chevêche.

Enfin, il arrive que l'homme fasse usage des insectes aquatiques dans certaines activités. La pêche à la mouche avec des appâts vivants emploie des phryganes adultes. D'autres insectes aquatiques nuisent à l'homme et aux animaux en transmettant des maladies. C'est le cas des Anophèles, moustiques qui transmettent un hématozoaire responsable du paludisme dans les régions tropicales, ou des Aedes, vecteur du virus de la fièvre jaune et autres arboviroses. Quelques espèces de Culicoïdes, minuscules moucherons piqueurs qui ont des représentants en France, ont une piqûre douloureuse et ils peuvent assaillir l'homme où les animaux domestiques, limitant le tourisme ou l'élevage.

Les insectes aquatiques sont représentés en France par douze ordres, eux-mêmes constitués de nombreuses familles. Il existe également quelques représentants aquatiques chez les Collemboles, les Lépidoptères, les Hyménoptères, les Mégaloptères et les Planipennes.

Éphéméroptères
(ou éphémères)

Larves se distinguant par leurs trois cerques à l'extrémité de l'abdomen et les branchies formants des plaques ou des sortes de plumes accrochées au flanc de l'abdomen. L'adulte est pourvu de quatre ailes. Il est bien connu pour sa courte vie. Il est précédé par un subimago, émergeant de la nymphe, sui lui, n'est pas sexuellement mature. Les adultes apparaissent au printemps. Les mâles volent en groupes au-dessus des eaux au moment de la reproduction. Il existe 217 espèces en Europe.

Plécoptères

Larves aquatiques proches de celles des éphémères, mais possédant 2 cerques au lieu de 3 à l'extrémité de leur abdomen. Leurs branchies ne sont pas disposées sur l'abdomen. Vivant exclusivement dans les ruisseaux et les torrents, elles sont herbivores ou détritivores. Les adultes, pourvus de quatre ailes, volent sans s'éloigner des torrents. La faune d'Europe comprend 387 espèces.

Odonates
(ou Libellules)

Larves aquatiques carnassières caractérisées par un développement particulier d'une partie de l'appareil buccal, le labium, qui est différencié en "masque", sortes de pièce articulée, terminé par deux crochets, capable de se projeter brusquement en avant pour saisir une proie et la porter au niveau des mandibules. Le dernier stade juvénile sort de l'eau et se fixe sur un support, puis donnent naissance à la Libellule adulte, insecte volant traits esthétique pourvu de quatre grandes ailes, carnassiers, qui chasse en vol de petits insectes sans trop s'éloigner des points d'eau. Les Libellules sont divisées entre deux sous ordres, les Zygoptères, qui ont les ailes repliées l'une contre l'autre au repos comme les pages d'un livre, les et les Anisoptères, dont les ailes restent étaler à l'horizontale au repos. On en trouve 127 espèces en Europe.

Trichoptères
(ou phryganes)

Larves aquatiques ressemblant à celles des Coléoptères, mais pourvus d'une paire de crochets anaux à l'extrémité de l'abdomen. Les larves sont bien connus pour se construire un fourreau de forme variable à l'aide de feuilles ou de petits graviers, dans lequel elle s'abritent. Les adultes volent sans s'éloigner des eaux. Ils sont pourvus de quatre ailes et ressemblent superficiellement a de petit papillons. Leurs ailes ne sont pas couvertes d'écailles colorées et, comme chez les papillons, mais poils tégumentaires. Il y a 895 espèces en Europe.

Diptères
(mouche, moucherons, moustiques)

Ordre d'insecte très diversifié, comportant quelque quatre mille espèces en Europe. Certaines larves, d'aspect très différent, sont généralement vermiformes et dépourvues de pattes, parfois équipés de fausses pattes. Les adultes volent bien et sont pourvus de deux ailes et de deux balanciers. Certains sucent le sang (hématophages) : moustiques, Ceratopogonidae, taons, simulies...

Coléoptères

Larves pourvues de pattes, avec des mandibules en forme de crochets, dépourvues de fourreau de protection. Les adultes ont les ailes repliées sous des élytres durs, l'appareil buccal est équipé pour mâcher. Les adultes, comme les larves, vivent dans l'eau (Dysticidae, Hydrophilidae), sur la surface des eaux (Gyridinae) ou bien au bord des eaux ou sur des plantes aquatiques (Donaciinae). on trouve en Europe environ 1072 espèces de Coléoptères aquatiques.

Hétéroptères

Ce sont les punaises, qui comprennent aussi des espèces aquatiques. Certaines nages, le plus souvent dans les eaux stagnantes, mais d'autres patinent à la surface des eaux, généralement en bande, posée à la surface sur de longues pattes fines : ce sont les Gerris, mais aussi les Velia et les Hubrus, plus petits. D'autres encore vivent cachées dans la boue au fond des mares, d'autres au bord des eaux. Toutes ont un appareil buccal piqueur et elles s'attaquent à de petites proies ou mangent des algues. Il y a environ 130 espèces aquatiques en Europe.